Согласно Письму Министерства финансов Российской Федерации от 13.10.2017 №24-01-09/68987.

При заключении контракта указывается, что цена контракта является твердой и определяется на весь срок исполнения контракта, а в случаях, установленных Правительством Российской Федерации, указываются ориентировочное значение цены контракта либо формула цены и максимальное значение цены контракта, установленные заказчиком в документации о закупке. При заключении и исполнении контракта изменение его условий не допускается, за исключением случаев, предусмотренных настоящей статьей и статьей 95 Закона о контрактной системе (часть 2 статьи 34 Закона о контрактной системе).

В соответствии с частью 10 статьи 70 и частью 14 статьи 78 Закона о контрактной системе контракт заключается на условиях, указанных в извещении о проведении электронного аукциона, запроса котировок и документации о таком аукционе, по цене, предложенной победителем.

Согласно части 1 статьи 54 и части 17 статьи 83 Закона о контрактной системе по результатам конкурса, запроса предложений контракт заключается на условиях, указанных в заявке, окончательном предложении участника конкурса, запроса предложений, признанного победителем конкурса, запроса предложений.

Таким образом, с учетом положений Закона о контрактной системе контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене победителя закупок вне зависимости от применения системы налогообложения у победителя.

Учитывая изложенное, заказчик не вправе осуществлять оплату по контракту победителю закупок за вычетом НДС.